Es braucht nur der kleinste Magnet vorhanden sein wie eben ein MagSafe oder von solchen Fliphüllen mit dem magnetischen Verschluss an der Seite. Aber normalerweise lässt der Stift, wenn der Magnet falsch isoliert ist, aber gar nichts mehr zu. Meist im Laden zu finden, die die Sicherung hinten am Gerät verklebt haben usw. In dem Bereich geht der Stift gar nicht.
Um einen Magneten gänzlich auszuschließen, sollte es trotzdem mal ohne Hülle ausprobiert werden. Keine Ahnung, ob da etwas anderes interferiert (RFID, NFC etc.).
Wenn das Problem auch ohne Hülle besteht, dann mal die SPen Diagnose (in der Members App) durchführen. Wenn das Problem dann da auch auftritt, mal den Stift zurücksetzen. Stift rausziehen > SPen Symbol drücken > Zahnrad im Menü drücken > SPen Menü > 3 Punkte > Stift zurücksetzen.
Dazu mal Wipe Cache Partition beim Handy durchführen.
Wenn das Problem immernoch besteht und zu 100% ein Magnet ausgeschlossen werden kann, dann hat es wohl den Digitizer zerschossen. Da hilft dann leider nur Displaywechsel.
PS: An der Folie könnte es liegen, aber da müssen schon Luftbläschen darunter sein und es wären mehrere Stellen davon betroffen.