Forse è lo stesso problema che ho anch'io da una vita sull'S2 sulla app di sistema E-mail. Impostando nella suddetta app la non cancellazione dei messaggi sul server, una volta che i messaggi vengono invece cancellati dal server ad esempio dal sito del provider, E-mail dice che i messaggi non letti sono pari a quelli cancellati e appaiono in fondo alla lista come appunto messaggi non letti.
Io ormai mi sono messo l'animo in pace, vado in fondo e li segnalo come già letti... 
