Ich kann jetzt nicht versprechen, dass es für Dich die richtige Lösung ist, da ich einen Office 360-Konto habe und daher nicht weiß, ob die Datei-Struktur die gleiche ist.
In der Galerie-App findet man unter Einstellungen den Punkt 'Mit OneDrive synchronisieren'. Wenn man darauf klickt, öffnet sich ein Menü, in dem man die Option 'Zu synchronisierende Alben' findet. Dahinter verbergen sich eine Vielzahl von Ordnern, die man aktivieren oder deaktivieren kann. Bei mir war es so, dass u.a. einmal der Ordner 'Kamera' als auch der Ordner 'DCIM' aktiviert war. Da Kamera aber zumindest bei mir ein Unterordner von DCIM ist, wurde hier nach meiner Vermutung zweimal synchronisiert. Ich habe 'Kamera' deaktiviert und seitdem sehe ich die Bilder nur noch einmal in OneDrive. Ich hoffe, es hilft auch bei Dir.