Die Apps, gerade die etwas exotischeren wie z.B. WeChat oder AliPay, haben sehr wohl unterschreibe Versionen zwischen Galaxy und Google App stores. Das liegt daran, dass Samsung z.B. in Asien mit Tensent zusammenarbeitet, um an die fernöstlichen
Apps zu kommen, während Google von den Anbietern dort vernachlässigt wird, weil in China gar nicht vorhanden.
Um die originale Frage zu beantworten: Es ist egal, in welchem Store man updatet, Hauptsache die neuste Version kommt drauf. Das einzige, was manchmal dabei passiert, ist, dass die Version aus den Galaxy Store ihren asiatischen Namen beibehält.