La clonazione è una cosa 1:1, legge di qui, scrive di li.
Se "di qui" non riesce a leggere ...di là non scrive, quindi, si puo' essere quello il problema.
Comunque, io di mio, preferisco sempre reinstallare tutto.
Installa windows exnovo sull'ssd, poi attacchi l'hd magari esternamente via usb e ci recuperi solo i tuoi dati.
Ricordati di salvare prima il codice di attivazione di windows, nel caso tu non abbia un'etichetta da qualche parte ...
