No es posible recuperar mensajes eliminados de WhatsApp directamente desde la aplicación, ya que el historial de chats no se almacena en sus servidores. Sin embargo, hay una opción que ayuda a recuperarlos:
Activar el historial de notificaciones
Si se activa el historial de notificaciones, se podrán ver los mensajes eliminados si se generaron notificaciones y no se han borrado del registro.
Entrar en Ajustes/Notificaciones/Ajustes Avanzados
Hecho esto, en Historial de Notificaciones y finalmente en WhatsApp
Dentro de ella podrán ver todos los mensajes recibidos, incluido los que les han eliminado.